Герой, известный по игре Bionic Commando 1988 года, возвращается! Натан Спенсер, некогда прославленный боец, столкнулся с жестокой судьбой. Одержав важную победу над врагами своей страны, он оказался не нужен собственному правительству. Более того, власти восприняли его как угрозу и решили избавиться от него, обвинив в преступлениях, которых он не совершал, и приговорив к смертной казни.

Натан мог бы встретить свой конец от рук палача, если бы не новая угроза, возникшая на горизонте. В день его казни террористическая организация атаковала город Эсеншн-Сити (Ascension City). Используя экспериментальное оружие массового поражения, экстремисты вызвали сильнейшее землетрясение, которое превратило мегаполис в руины.

Кроме того, они установили контроль над городскими орудиями ПВО, лишив власти возможности прислать войска по воздуху. В этой ситуации правительству не оставалось ничего другого, кроме как спешно амнистировать проверенного в боях коммандос и отправить его в тыл противника!