Десять лет спустя после событий оригинальной игры в небольшом городке на побережье Атлантического океана начинают твориться странные и зловещие вещи — там пропадают маленькие девочки. Следы похитителя теряются в прибрежных водах, и становится очевидно, что разгадку тайны нужно искать под водой. Под купол Восторга вы возвращаетесь в новом качестве — в роли самого первого Большого Папочки, сохранившего волю и разум. На дне океана в руинах некогда прекрасного фантастического мегаполиса вам предстоит сразиться со своими собратьями, с мутантами и с новой хозяйкой Восторга — повзрослевшей Сестричкой.